Дополнительного шифрования ключей нет. В Windows существуют отличные встроенные средства безопасности (политики ограниченного запуска программ, права доступа к файлам, шифрованная файловая система). Если хотите защититься, то необходимо защищать компьютер средствами операционной системы, а программа, пусть даже и такая отличная как imaTouch, может и вылетить, поэтому защита на уровне программы не есть правильное решение.
Например, можно запустить платёжный сервис от имени другого пользователя, который имеет доступ на чтение ключей, остальным пользователям в системе запретить доступ к файлам с ключами. А ключи хранить на зашифрованном томе.
Абсолютно надёжных систем не существует, и NASA и Пентагон ломали.
